Seroprevalence and seroconversion rates to SARS-CoV-2 in interns, residents, and medical doctors in a University Hospital in Bogotá, Colombia / Tasas de seroprevalencia y seroconversión al SARS-CoV-2 en internos, residentes y médicos en un Hospital Universitario de Bogotá, Colombia

Abstract Objectives: To determine the prevalence of antibodies to SARS-CoV-2 and the incidence of seroconversion in the first month of follow-up among interns, residents, and medical doctors attending patients at a University Hospital in Bogota (Colombia). Design or methods: A cross-sectional and a prospective study were performed during June, July, and August 2020 to assess seroprevalence and seroconversion rates using CLIA IgG for SARS-CoV-2. LFA IgG and IgM and ELFA IgM were also determined to explore concordance with CLIA IgG. Results: At baseline, 8 (2.28% 95%CI 1.16-4.43%) participants were IgG positive for SARS-CoV-2 by CLIA. At the end of the study, 21 (5.98% 95%CI 3.94-8.97%) individuals seroconverted by CLIA IgG. In all, 29 individuals had IgG by CLIA and of these 11 (3.13% 95%CI 1.76-5.52%) were asymptomatic. No associations with risk factors for infection were identified. CLIA IgG had moderate concordance (>962 samples) with LFA IgG and ELFA IgM, but minimal with LFA IgM. Conclusions: Our report is the first in Latina America on seroprevalence and seroconversion rates in medical healthcare workers. The relatively high rate (>3%) of asymptomatic health care workers with evidence of previous SARS-CoV-2 infection underscores the need to screen this population for infection to prevent infection/disease spread.

Resumen Objetivos: Determinar la prevalencia de anticuerpos frente al SARS-CoV-2 y la incidencia de seroconversión en el primer mes de seguimiento en internos, residentes y médicos que atienden pacientes en un Hospital Universitario de Bogotá (Colombia). Diseño y métodos: Se realizó un estudio transversal y prospectivo durante junio, julio y agosto de 2020 para evaluar las tasas de seroprevalencia y seroconversión utilizando CLIA IgG para SARS-CoV-2. También se determinaron LFA IgG e IgM y ELFA IgM para explorar la concordancia con CLIA IgG. Resultados: Al inicio del estudio, 8 (2,28% IC del 95% 1,16-4,43%) participantes fueron IgG positivos para SARS-CoV-2 por CLIA. Al final del estudio, 21 (5,98% IC 95% 3,94-8,97%) individuos seroconvirtieron por CLIA IgG. En total, 29 individuos tenían IgG por CLIA y de estos 11 (3,13% 95% IC 1,76-5,52%) eran asintomáticos. No se identificaron asociaciones con factores de riesgo de infección. El CLIA IgG tuvo una concordancia moderada (> 962 muestras) con LFA IgG y ELFA IgM, pero mínima con el LFA IgM. Conclusiones: Nuestro informe es el primero en América Latina sobre tasas de seroprevalencia y seroconversión en trabajadores médicos de la salud. La tasa relativamente alta (> 3%) de trabajadores de la salud asintomáticos con evidencia de infección previa por SARS-CoV-2 resalta la necesidad de realizar pruebas de detección de infección en esta población para prevenir la propagación de la infección.

Actividad in vitro del tedizolid y de antibióticos de comparación en aislamientos de Staphylococcus aureus resistentes a meticilina en infecciones de piel y tejidos blandos en siete hospitales de Colombia / In vitro activity of tedizolid and other comparator drugs in methicillin-resistant Staphylococcus aureus isolates in skin and soft tissue infections in seven Colombian hospitals

Introducción. Staphylococcus aureus resistente a meticilina (SARM) causa infecciones graves de la piel y los tejidos blandos en los hospitales y, en los últimos años, en la comunidad. El tedizolid es una nueva oxazolidinona cuya potencia in vitro ha demostrado ser mayor que la del linezolid frente a este microorganismo. Objetivo. Conocer la actividad antimicrobiana del tedizolid y de algunos antibióticos de comparación en aislamientos de SARM causante de infecciones de piel y tejidos blandos en hospitales de Colombia. Materiales y métodos. Se hizo un estudio multicéntrico prospectivo y descriptivo a lo largo de doce meses en siete hospitales de tercer nivel de Colombia. Se recolectaron aislamientos de SARM de pacientes adultos con infección de piel y tejidos blandos. Se determinó la concentración inhibitoria mínima (CIM) mediante la técnica de ETEST® (bioMérieux) del tedizolid, el linezolid, la vancomicina, la daptomicina, el trimetoprim-sulfametoxazol y la clindamicina. Resultados. Se obtuvieron aislamientos de SARM de 102 pacientes, de los cuales 56 (54,9 %) eran hombres; el promedio de edad fue de 46,8 años. La infección tuvo origen en la comunidad en 77 casos (75,4 %). El tipo de muestra que predominó fue el absceso (69 pacientes: 67,6 %). Todos los aislamientos fueron sensibles a tedizolid, linezolid, daptomicina, trimetoprim-sulfametoxazol y vancomicina. La actividad in vitro del tedizolid fue mayor que la del linezolid. Los intervalos de la CIM del tedizolid oscilaron entre 0,125 µg/ml y 0,5 µg/ml en tanto que los del linezolid fluctuaron entre 1 µg/m y 2 µg/ml. Conclusiones. Las cepas circulantes de SARM en Colombia presentaron una gran sensibilidad al tedizolid, por lo cual sería una alternativa terapéutica para las infecciones de piel y tejidos blandos en nuestro medio.

Introduction: Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) causes severe skin and soft tissue infections in hospitals and, more recently, in the community. Tedizolid is a new second-generation oxazolidinone derivative having greater in vitro potency than linezolid against this type of microorganism. Objectives: To evaluate the antimicrobial activity of tedizolid and other comparator antibiotics in MRSA isolates causing skin and soft tissue infections in Colombian hospitals. Materials and methods: We conducted a prospective, multi-center descriptive study in seven tertiary-level hospitals in Colombia along a 12-month period. MRSA isolates were collected from adult patients with skin and soft tissue infections. Tedizolid, linezolid, vancomycin, daptomycin, trimethoprimsulfamethoxazole, and clindamycin minimum inhibitory concentration (MIC) was determined by ETEST® (bioMérieux). Results: MRSA isolates were obtained from 102 patients with an average age of 46.8 years of whom 56 (54.9%) were men. Infection was community-acquired in 77 cases (75.4%). Abscess-related samples predominated (69 patients: 67.6%). All isolates were susceptible to tedizolid, linezolid, daptomycin, trimethoprim-sulfamethoxazole, and vancomycin. Tedizolid had greater in vitro activity than linezolid. Tedizolid MIC intervals ranged from 0.125 µg/mL to 0.5 µg/mL while those of linezolid ranged from 1µg/mL to 2µg/mL. Conclusions: MRSA strains circulating in Colombia are highly susceptible to tedizolid and can be considered a therapeutic alternative for hospitals and/or community-acquired skin and soft tissue infections.

Factores de riesgo para bacteriemia por Pseudomonas aeruginosa resistente a carbapenémicos adquirida en un hospital colombiano / Risk factors for hospital-acquired bacteremia due to carbapenem-resistant Pseudomonas aeruginosa in a Colombian hospital

Introducción. Las bacteriemias por Pseudomonas aeruginosa resistentes a carbapenémicos son un problema de salud pública por las pocas alternativas de tratamiento disponibles, el aumento de la estancia hospitalaria, los costos que genera y el aumento en el riesgo de mortalidad. Objetivo. Evaluar los factores de riesgo de bacteriemia por P. aeruginosa resistente a carbapenémicos adquirida en el Hospital Universitario San Ignacio, durante el periodo comprendido entre enero de 2008 y junio de 2014. Materiales y métodos. Se hizo un estudio de casos y controles. Los casos eran de pacientes que presentaban bacteriemia por P. aeruginosa resistente a carbapenémicos y los controles eran pacientes con P. aeruginosa sensible a este grupo de antibióticos. Se midieron variables como el uso de meropenem o ertapenem, la inmunosupresión y la neoplasia, y se determinaron la mortalidad y el tiempo de estancia hospitalaria. Resultados. Se evaluaron 168 pacientes, 42 casos y 126 controles. En el modelo multivariado se encontraron los siguientes factores de riesgo relacionados con la bacteriemia por P. aeruginosa resistente a carbapenémicos y adquirida en el hospital: uso de nutrición parenteral ( odds ratio , OR=8,28; IC 95% 2,56-26,79; p=0), uso de meropenem (OR=1,15; IC 95% 1,03-1,28; p=0,01) y uso de ciprofloxacina (OR=81,99; IC 95% 1,14-5884; p=0,043). Conclusión. Para el control de la aparición de P. aeruginosa resistente a carbapenémicos, se deben fortalecer los programas de control de antimicrobianos, promover el uso prudente de carbapenémicos y quinolonas, y vigilar el uso adecuado de la nutrición parenteral.

Introduction: Bacteremia due to Pseudomonas aeruginosa resistant to carbapenems is a public health problem due to the limitations it places on therapeutic options, as well as the increased time patients must spend in hospital, costs and the risk of mortality. Objective: To evaluate the risk factors for presentation of bacteremia due to carbapenem-resistant P. aeruginosa acquired in the Hospital Universitario San Ignacio between January 2008 and June 2014. Materials and methods: This was a case control study in which the case patients presented bacteremia due to P. aeruginosa resistant to carbapenems and the control group included patients with P. aeruginosa susceptible to this group of antibiotics. Variables such as the previous use of meropenem and ertapenem, immunosuppression and neoplasia were measured. Mortality and duration of hospital were also described. Results: In all, 168 patients were evaluated, of which 42 were cases and 126 controls. Using a multivariate model, the risk factors related to bacteremia due to carbapenem-resistant P. aeruginosa acquired in hospital were the following: use of parenteral nutrition (OR=8.28; 95% CI: 2.56-26.79; p=0); use of meropenem (OR=1.15; 95% CI: 1.03-1.28; p=0.01); and use of ciprofloxacin (OR=81.99; 95% CI: 1.14-5884; p=0.043). Conclusion: In order to prevent the emergence of carbapenem-resistant P. aeruginosa , antimicrobial control programs should be strengthened by promoting the prudent administration of carbapenems and quinolones. The correct use of parenteral nutrition should also be monitored.

Estrategias para la implementación y reporte de los puntos de corte CLSI vigentes y pruebas fenotípicas confirmatorias para BLEE y carbapenemasas en bacilos Gram negativos en laboratorios clínicos de Colombia / Strategies for implementation and reporting of current CLSI Breakpoints and phenotypic confirmatory tests for ESBLs and carbapenemases in Gram-negative bacilli in Colombian clinical laboratories

En 2010, el Instituto Americano de Estándares Clínicos y de Laboratorio (CLSI) inició un proceso de revisión y actualización de los puntos de corte para microdilución y disco difusión para cefalosporinas (cefazolina, cefotaxima, ceftriaxona, ceftizoxima, ceftazidima), monobactámicos (aztreonam) y carbapenémicos (imipenem, meropenem, ertapenem, doripenem). Los cambios se basaron en modelos PK/PD que buscan predecir la respuesta clínica con el uso exclusivo de la concentración inhibitoria mínima (CIM) y esquemas específicos de dosificación de forma independiente al mecanismo de resistencia expresado. Este nuevo paradigma eliminaría la necesidad de realizar pruebas fenotípicas para beta-lactamasas de espectro extendido (BLEE) y carbapenemasas para tomar decisiones terapéuticas y permitiría utilizarlas únicamente para fines epidemiológicos. Sin embargo, ante las limitaciones de las metodologías actuales para pruebas de susceptibilidad en Colombia, el desconocimiento de estos cambios y la alarma epidemiológica por la aparición de nuevas ß-lactamasas en el país, se hace necesario generar recomendaciones para los laboratorios clínicos, con el fi n de unifi car los criterios para la realización e informe de los antibiogramas en bacilos Gram negativos, incluyendo la implementación de los puntos de corte actuales y la aplicación de las pruebas fenotípicas para la detección de BLEE y carbapenemasas.

In 2010, the Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) began a process to revise and update the breakpoints for broth microdilution and disk diffusion for cephalosporins (Cefazolin, Cefotaxime, Ceftriaxone, Ceftazidime), monobactams (Aztreonam) and carbapenems (Imipenem, Meropenem, Ertapenem and Doripenem). The changes made were based on PK/PD models that attempt to predict clinical outcomes using minimum inhibitory concentration (MIC) and specific dosage regimens, regardless of the resistance mechanism expressed by the organism. The new breakpoints would eliminate the need to perform screening and confirmatory testing for ESBLs and carbapenemases for treatment decisions, and thus they would be used only for infection control purposes. Nevertheless, there are limitations to current methods in Colombia, a lack of knowledge regarding the recent changes and epidemiologic alarm over new B-lactamases spreading in our country. Therefore it was necessary to formulate and issue recommendations for clinical laboratories, with the aim of standardizing the criteria for reports on antibiograms in Gram-negative bacilli, including the current CLSI breakpoints and applying phenotypic confirmatory testing to detect ESBLs and Carbapenemases.

Resistencia antibiótica del Helicobacter pylori en el HospitalUniversitario San Ignacio de Bogotá / Antibiotics resistance of Helicobacter pylori at the San Ignacio University Hospital in Bogota

Objetivo: determinar la frecuencia de resistencia del Helicobacter pylori (H. pylori) a amoxicilina, claritromicina, tetraciclina y metronidazol en el Hospital Universitario San Ignacio en Bogotá, y buscar correlación entre la presencia de resistencia y el antecedente de consumo previo de antibióticos. Material y métodos: se estudiaron 115 muestras para cultivo de H. pylori tomadas de pacientes sometidos a endoscopia digestiva alta por síntomas dispépticos. Se determinó la susceptibilidad a antibióticos mediante discos de infusión en los cultivos. Se investigaron los antecedentes de consumo previo de antibióticos e imidazoles y se buscó asociación entre este antecedente y la de resistencia mediante tablas de contingencia y la prueba exacta de Fisher. Resultados: se obtuvieron 84 cultivos positivos para H. pylori. Se encontró resistencia a metronidazol en 97,6% de los cultivos, seguida por la resistencia a tetraciclina (85,7%), a claritromicina (63,1%) y a amoxicilina (9,5%). No se encontró relación entre el uso previo de imidazoles o antibióticos y la resistencia a los antibióticos estudiados. Tampoco se encontró asociación entre resistencia antibiótica y otras variables como edad, sexo o hallazgos endoscópicos. Se encontró una mayor probabilidad de resistencia a la claritromicina si había resistencia a la tetraciclina. (RR 4,25; IC 1,18-15,19 p= 0,001). Conclusiones: la resistencia del H. pylori a metronidazol y a tetraciclina sobrepasan el 85% y a claritromicina es superior al 60% en la población estudiada. El antecedente de consumo previo de antibióticos no permite predecir una mayor probabilidad de resistencia. Dado que estos antibióticos son los más usados en los esquemas de erradicación del H. pylori, se debe evaluar en experimentos clínicos la repercusión de estos hallazgos en la efectividad de los diferentes esquemas de erradicación.

Objectives: to determine the frequency of resistance of Helicobacter pylori (H. pylori) to amoxicillin, clarithromycin, tetracyclin and metronidazole at the San Ignacio University Hospital in Bogotá, and to look for correlation between the presence of resistance and previous antibiotic use. Material and methods: samples for H. pylori cultures were taken from 115 patients who underwent endoscopy because of dyspeptic symptoms. Resistance to antibiotics was determined by means of susceptibility discs. Information was collected on previous antibiotic and imidazole intake, and associations with resistance evaluated by means of contingency tables and Fischer’ s exact test. Results: 84 positive cultures for H. pylori were obtained. Resistance to metronidazole was found in 97,6% of cultures, followed by resistance to tetracycline (85,7%), to clarithromycin (63,1%) and to amoxicillin (9,5%). No relationship was found between previous use of antibiotics or imidazoles and the resistance to studied antibiotics. No associations were found between antibiotic resistance and other variables like age, sex or endoscopic findings. There was an increased probability of resistance to clarithromycin if there was also resistance to tetracycline (RR 4.25, IC 1.18-15.19 p= 0.001). Conclusions: resistances of H. pylori to metronidazol and to tetracycline are above 85%, and to clarithromycin above 60% in the studied population. History of previous intake of antibiotics does not increase the probability of resistance. Since these antibiotics are amongst the most widely used for eradication of H. pylori, the clinical impact of these findings in the effectiveness of eradication regimens must be evaluated with clinical trials.